Hard water bevat hoge concentraties calcium, magnesium en andere minerale zouten die, wanneer ze worden verwarmd en verdampt, kalkaanslag kunnen vormen op de oppervlakken van de warmtewisselaars van de watergekoelde condensor. Na verloop van tijd fungeert deze aanslag als een isolerende barrière tussen het koelwater en de metalen oppervlakken van de condensor, waardoor de efficiëntie van de warmtewisseling wordt aangetast. Naarmate de schaal dikker wordt, is er meer energie nodig om hetzelfde koeleffect te bereiken, wat leidt tot verminderde systeemefficiëntie, hogere operationele kosten en verhoogde slijtage van het systeem. Kalkaanslag kan ook leiden tot een verminderde stroomcapaciteit in de condensor, wat resulteert in hogere drukken en temperaturen. Om deze effecten tegen te gaan, gebruiken veel watergekoelde condensors waterontharders die calcium- en magnesiumionen verwijderen, of gebruiken ze anti-kalkchemicaliën om de vorming van kalk te voorkomen.

Waterkwaliteit met extreme pH-waarden (te zuur of te alkalisch) kan leiden tot corrosie van metalen componenten in het water watergekoelde condensor . Water met een lage pH (zuur) kan oxidatie van metalen oppervlakken veroorzaken, wat leidt tot roest en de structurele integriteit van de condensor verzwakken, terwijl water met een hoge pH (alkalisch) alkalische corrosie kan veroorzaken, waardoor metalen oppervlakken worden afgebroken. De aanwezigheid van chloriden, die vaak worden aangetroffen in zeewater of industrieel koelwater, kan putcorrosie versnellen, wat tot plaatselijke schade kan leiden. Om corrosie te voorkomen moet het water worden behandeld om een ​​optimaal pH-bereik te behouden, doorgaans tussen 7 en 8,5, wat ideaal is om zowel zure als alkalische corrosie te voorkomen. Corrosieremmers, zoals fosfaten, zinkverbindingen of silicaten, worden vaak gebruikt in combinatie met regelmatige watertests om ervoor te zorgen dat de waterkwaliteit binnen aanvaardbare grenzen blijft.

Waterbronnen die sedimenten, vuil of andere deeltjes bevatten, kunnen leiden tot verstoppingen en verstoppingen in de leidingen en warmtewisselaarsystemen van de watergekoelde condensor. Deze vaste deeltjes kunnen de waterstroom belemmeren, waardoor het vermogen om warmte van de condensor af te voeren wordt verminderd. Het verminderde debiet verhoogt de druk in de condensor en vermindert de algehele koelefficiëntie. Na verloop van tijd kan de ophoping van sediment leiden tot schurende slijtage van interne componenten, waardoor de onderhoudsbehoeften en de kans op storingen verder toenemen. Om deze problemen te verminderen, worden doorgaans filtersystemen of filters geïnstalleerd bij de waterinlaatpunten om grote deeltjes op te vangen voordat ze de condensor binnendringen. Deze systemen zijn ontworpen om zand, slib en andere zwevende deeltjes te verwijderen die de interne componenten kunnen beschadigen of de prestaties kunnen verminderen.

Biofouling treedt op wanneer micro-organismen, zoals bacteriën, algen en schimmels, zich ophopen op de warmtewisselingsoppervlakken van de condensor. Als er niets aan wordt gedaan, kunnen deze micro-organismen een biofilm vormen, die als isolatielaag fungeert en de warmteoverdracht aanzienlijk belemmert. De biofilm bevordert ook corrosie en verstopping, waardoor de efficiëntie van het systeem verder afneemt. Biofouling komt vaker voor in systemen waarbij gebruik wordt gemaakt van oppervlaktewater (rivieren, meren of zeewater) met een hoger gehalte aan organisch materiaal. Algengroei is vooral problematisch omdat het de waterstroom kan blokkeren en tot een hoger energieverbruik kan leiden, omdat het systeem de verminderde efficiëntie van de warmteoverdracht compenseert. Om biofouling tegen te gaan, bevatten waterbehandelingssystemen vaak chemische biociden (zoals chloor-, broom- of koperverbindingen) die micro-organismen doden voordat ze een biofilm kunnen vormen. Behandeling met ultraviolet (UV) licht is een andere milieuvriendelijke optie om microbiële groei te voorkomen.